Juana de Austria fue más allá. Nada más llegar al poder, lo primero que hizo fue preocuparse de las cárceles del reino, les adjudicó a los presos un abogado para su defensa y propuso que en los presidios de mujeres hubiera religiosas que sacaran a los niños a pasear al aire libre al menos dos días a la semana. Además, llegó a entrar en la compañía de Jesús. A pesar de que no tenían cabida las mujeres, la infanta luchó por unirse a ellos, objetivo que consiguió en secreto y adoptando una identidad masculina bajo el nombre de Mateo Sánchez. 

Su papel en la realeza no se limitó a dar herederos y establecer lazos entre los reinos, papel que seguían muchas de las mujeres que pertenecían a las dinastías por aquella época. Llegó a tener mucho poder y responsabilidad política. La princesa nació el 24 de junio de 1535 en Madrid mientras su padre, el emperador Carlos V. se encontraba defendiendo sus posiciones en África. Su madre, la emperatriz Isabel de Portugal, murió cuando ella tenía 4 años. Así, Juana se quedó sola junto a su hermano mayor, el que más tarde sería Felipe II y su hermana María, ya que sus otros tres hermanos murieron al poco de nacer.

Por aquella época, España tenía la mirada puesta en Portugal, por lo que el 11 de enero de 1552 Juana se casaba con apenas 17 años con su primo hermano Juan Manuel, hijo de Catalina, hermana de su padre. El matrimonio no duró mucho. El príncipe murió de una tuberculosis, y 20 días después, en enero de 1554, nació su hijo Sebastián. Pero a los 4 meses, su tía doña Catalina le comunicó que debía abandonar Portugal para volver a Castilla por orden del emperador. Tenía que ser la gobernadora en ausencia de su padre, Carlos V., y de su hermano, Felipe II.

"Tímida y callada", así es como se definía la princesa en sus papeles escritos por su puño y letra. Comportamiento que le reprochaba su tía y suegra Catalina, que no entendía que fuera así. "Mis ropas no son muy apreciadas por las damas jóvenes, ¡porque siempre visto de negro! Hago traer de las Indias un vegetal que se llama palo de Campeche, que cocido con las telas les proporciona un negro muy puro y brillante", contaba.

Durante las comidas le gustaba hablar de arte, de jardines, de objetos pintorescos, de lugares cercanos o lejanos, de música o lecturas profanas. No estaba de acuerdo con la excesiva presencia de la carne en los platos. "Yo soy amiga de las aves y los huevos, pero menos de la caza. Me gustan las verduras y las frutas, pero no tanto los postres muy elaborados y los guisos muy cocidos". Además, reconocía no ser "muy amiga de los vinos". Los encontraba pesados, y por eso los hacía colocar en cristal en vez de en metal, pues creía que este proporciona al vino un excesivo sabor.

"Nunca recibí una preparación especial para gobernar. En aquellos primeros días que pasé con mi hermano Felipe en La Abadía de los Alba establecí mi primer contacto con una tarea que desconocía", relataba la princesa en sus escritos de 1554 que muestra el libro Las hijas de Carlos V. (La Esfera). El libro relata la historia de María y Juana de Austria, hijas de Carlos V. y de su esposa Isabel, dos mujeres que llegaron a tener responsabilidades políticas. Con el paso del tiempo, su recuerdo se ha perdido, y precisamente con esta novela, Magdalena Velasco Kindelán, pretende recrear la vida de estas dos mujeres fuertes y cultas.

"Apenas recuerdo ya las múltiples cuestiones de las que me ocupaba. Por una parte, todo lo referente a mejorar las defensas de España, con la producción de barcos, municiones, reparar las fortificaciones en Levante y Galicia. También la continua reforma de las obras públicas como puertos, puentes y caminos", escribía Juana. Además de eso, la princesa de Portugal facilitó la navegación de ríos y la creación de regadíos, fomentó la ganadería y la exportación de lanas.

Entró en la Compañía de María de forma secreta y con el pseudónimo de Mateo Sánchez en sus escritos para que no la identificaran

En sus primeros meses de gobernadora pidió al padre Ignacio de Loyola que estaba en Roma que le admitiera en la Compañía de Jesús. Sabía que algunas mujeres ya lo habían solicitado y que él se había negado. De Loyola pensaba que el régimen de vida de los jesuitas era muy activo, inapropiado para las mujeres y que la atención sacerdotal que exigiría una rama femenina quitaría fuerzas a los varones sacerdotes para dedicarse a las tareas de la Orden, que "requerían gran movilidad y disposición para viajar en duras condiciones". Pero, aun así, ella insistió y consiguió que la aceptaran como miembro de la Orden. Eso sí, de forma secreta y con el pseudónimo de Mateo Sánchez en sus escritos para que no la identificaran. 

Nada más llegar a Castilla se preocupó por los presos en las cárceles del reino. "El informe que se me presentó era dramático", contaba en sus escritos. Se aumentó la dotación de dinero y se mejoró su control. Se ordenó también la atención espiritual a los presos y se dio orden de que todos tuvieran abogados para su defensa. Propusieron también que los presos por deudas no estuvieran en las mismas cárceles que los asesinos y ladrones y que en los presidios de mujeres hubiera religiosas que sacaran a los niños a pasear al aire libre al menos dosdías a la semana.

"Otro tema que me preocupaba era la lentitud de los procedimientos y se dio orden de aumentar el número de abogados y escribientes al servicio del rey. Yo empecé a señalar días y horas para escuchar quejas y peticiones, y se lo mandé también a los miembros de los consejos en sus materias propias. También quise que se pagara bien y a tiempo a los criados y servidores y a los proveedores, que eran muchos. Además, me ocupé de la reformación de las órdenes religiosas femeninas", relataba la princesa.

El tiempo que compartió con la reina Isabel de Valois, tercera esposa de Felipe II, fue muy alegre. "Los años que estuve al lado de la reina Isabel me hice joven otra vez. En las habitaciones de la reina había de modo frecuente risas y canciones", contaba Juana. Con frecuencia organizaban fiestas, mascaradas, representaciones y, lo que más le gustaba a la princesa Juana, conciertos. Montaban a caballo por Casa de Campo, cazaban algunas liebres y perdices, y luego comían algunos fiambres y pasteles en algún claro del bosque.