Funcionario de carrera, Joan Llinares desde finales de los años 90 se ha alzado como el fiscalizador de los casos de corrupción, pero solamente de aquella que afecta a la derecha. Y es que sus inicios en la lucha contra el fraude siempre han estado ligados con partidos de izquierda que han ostentado el poder. Empezó como técnico de gestión administrativa del Instituto Valenciano de Arte Moderno (IVAM) en 1988 cuando el Partido Socialista Valenciano (PSPV) ya gobernaba la comunidad. Su paso por esta empresa pública le sirvió para crear e instaurar la carcasa jurídica del IVAM para que en 1995 fuera designado administrador de esta entidad.

En 2001, con el Partido Popular gobernando en la Comunidad Valencia, Joan Llinares decide dejar el proyecto iniciado 15 años atrás, cuando empezó a ver cosas que nada tenían que ver con lo que entendía por gestión pública, para trasladarse a Barcelona y ocuparse del Museo Nacional de Arte de Cataluña (MNAC), con la misión de crear la estructura organizativa y funcional. 

A los pocos años de aterrizar en Barcelona, y ya con los gobiernos del tripartit, fue estrechando lazos con los socialistas y los ecosocialistas que controlaban la Generalitat de Catalunya. En consonancia, con el gobierno socialista en la Moncloa, en 2009, la socialista Ángeles González-Sinde, por entonces ministra de Cultura, le pidió hacerse cargo del Palau de la Música, después de que estallara el escándalo del ‘Caso Palau’, con la posterior destitución del director general Fèlix Millet y su mano derecha Jordi Montull. Su misión principal era la de poner a disposición judicial todas las irregularidades encontradas en el orfeón catalán, cosa que le recrimino la antigua Convergència, ya que, según la ex CDC, Llinares se extralimitó de sus funciones colaborando con la fiscalía. 

Tras documentar más de diez años de corrupciones, soportar presiones y estar en el punto de mira mediático, en 2012 decide abandonar temporalmente la administración pública y pasarse al sector privado para ejercer la abogacía. En 2014, con el PP gobernando la Comunidad Valencia, Llinares decide regresar al Instituto Valenciano de Arte Moderno de donde provenía anteriormente. De nuevo en el IVAM, llegó a destapar varias irregularidades en la gestión de la entidad durante el mandato de Consuelo Ciscar, perteneciente al Partido Popular, detectando diferencias de hasta un 1.500% entre el precio que el museo pagó por alguna obra y su valor de mercado. Lo que le llevó a denunciar ante los tribunales.

Un año más tarde y con el proceso judicial contra Ciscar en marcha, Llinares dejó el IVAM a mediados de julio de 2015 para ocuparse de un nuevo reto que le propuso la flamante nueva -en aquel momento- alcaldesa de Barcelona, Ada Colau. Éste consistía en dirigir la nueva Oficina de Transparencia y Buenas Prácticas del Ayuntamiento de Barcelona, que tenía como misión la de luchar contra los casos de corrupción y fomentar la transparencia del consistorio. Esta misión se realizaría gracias al trabajo de 56 funcionarios que acompañarían a Llinares en sus tareas de limpieza para prevenir la corrupción en la administración pública, dotando al ayuntamiento barcelonés de una herramienta de transformación estructural y de fiscalización. No obstante, el cometido duró poco porque, a mediados de 2017, Llinares abandonó el proyecto y con él también marcharon los sueños del Ayuntamiento de Barcelona de convertir a la ciudad en una de las más transparentes del país. Lo cierto es que el paso de Llinares por el consistorio barcelonés no dio los frutos que se prometían. Primero porque la puesta en marcha de la oficina nació con claros sesgos, ya que, a la hora de nombrar el consejo asesor de expertos independientes de la oficina, se optó por personalidades como el exdiputado independentista de la CUP, David Fernández, el miembro de la plataforma anticapitalista Auditoría Ciudadana por la Deuda, Enric Pons, o la defensora de derechos digitales de la plataforma XNet, Simona Levi. Asimismo, Llinares nunca comunicó públicamente cuáles fueron los criterios para nombrar a los funcionarios que constituirían la Oficina de Transparencia. 

La siguiente y última parada de Joan Llinares fue atender la petición de la Generalitat Valenciana, liderada por Ximo Puig, para dirigir la Agencia Valenciana Antifraude (AVA), una institución pública creada ese mismo año por Compromís, con capacidad sancionadora e integrada por funcionarios de carrera. La misión principal de este organismo, también de nueva creación, es la de prevenir, investigar y combatir el fraude y la corrupción en las instituciones públicas valencianas.  

El nombramiento de Llinares como director de la AVA ha sido bastante polémico dadas las presuntas irregularidades con las que accedió al cargo. La primera fue relativa al régimen de compatibilidades previsto en la ley de las Cortes Valencianas para escoger al nuevo director de la AVA. Mientras se preveía que no se podía ocupar un cargo público durante el mandato como director de la AVA, Llinares era, en ese momento, director de Oficina de Transparencia y Buenas Prácticas del Ayuntamiento de Barcelona. Además, la propia ley valenciana exigía que el director de la Agencia estuviera empadronado en la Comunidad Valenciana, mientras que Llinares residía en Barcelona. En definitiva, una trayectoria no exenta de controversia siempre ligada a los partidos de izquierda en el poder.