Las acusaciones populares del 'caso Begoña Gómez' le han pedido al juez que instruye la causa, Juan Carlos Peinado, que cite al exsecretario de Estado de Exteriores Manuel Muñiz, actual rector internacional del Instituto de Empresa (IE), donde Begoña Gómez dirigió el África Center, y que requiera a la Guardia Civil para que recabe los contratos de esta institución con varias entidades, como la Organización Mundial del Turismo, o Globalia. También le piden que reclame los extractos bancarios de los últimos cinco años de todas las cuentas bancarias que figuren a nombre de Begoña Gómez o de sus empresas.

En el escrito, al que ha tenido acceso El Independiente, las acusaciones populares --conformadas por Vox, Hazte Oir, Iustitia Europa, Manos Limpias y Asociación MRPE-- subrayan ante el titular del Juzgado de instrucción número 41 de Madrid que Gómez asumió la dirección del África Center "inmediatamente después de la creación del mismo", lo que plantea "dudas legítimas sobre si el nombramiento se realizó conforme a los principios de igualdad, mérito y capacidad, o si, por el contrario, estuvo influenciado por ser la esposa de Pedro Sánchez, presidente del Gobierno". Por aquel entonces, Muñiz era el decano de la Escuela de Asuntos Globales y Públicos del IE.

Tal y como se detalla en el escrito, tras dejar el decanato del IE en enero de 2020, Muñiz pasó a ser Secretario de Estado de la España Global en el Ministerio de Asuntos Exteriores, Unión Europea y Cooperación, período en el que siguió asociado al IE, puesto que fue el director del Centro para la Gobernanza del Cambio. En agosto de 2021, tras abandonar la secretaría, volvió definitivamente al IE como rector y Decano de la Escuela de Asuntos Globales y Públicos. También se solicita que sea citada Felicia Appenteng, Directora general del IE Fundación y presidenta del IE Africa Center.

Por otro lado, las acusaciones destacan los paralelismos que, según ellos, existen entre el nombramiento de Gómez como directora del África Center y su acceso a la Cátedra Extraordinaria de la Universidad Complutense, y piden que sea objeto de una "investigación exhaustiva" la relación entre los viajes realizados por la mujer del presidente del Gobierno a los países africanos cuando estaba al frente del África Center y los intereses empresariales que la institución pudiera tener allí.

Además, le han entregado a Peinado la documentación de los expedientes de la Oficina de Patentes y Marcas relativa al software que habría inscrito la mujer del presidente del Gobierno. Con esto, tratan de demostrar que pudo haber una apropiación indebida de esa aplicación por parte de Gómez.