Los microbios son parte de la comida que comemos y pueden influir en nuestra propia microbiota (el conjunto de microorganismos que viven en nuestro cuerpo), pero sabemos muy poco sobre los microbios de nuestra comida. Para tratar de aportar algo de luz, este jueves un grupo internacional de expertos ha publicado en la revista científica Cell un importante estudio, que cuenta por participación española.

Los investigadores han desarrollado una base de datos del microbioma de la comida mediante el análisis de los metagenomas (término que designa todo el material genético del conjunto de microorganismos de un ambiente) de cientos de alimentos. De esta manera han identificado 10.899 microbios asociados a la comida, la mitad de los cuales eran especies desconocidas, y han mostrado que éstos explican el 3% del microbioma intestinal de los adultos y el 56% del microbioma intestinal infantil.

Esta base de datos, denominada Curated Food Metagenomic Database (CFMD), permite identificar y controlar los microorganismos indeseables, estudiar el movimiento de los microbios a lo largo de la cadena alimentaria y la propagación de genes de resistencia a antibióticos, además de mejorar los atributos saludables de los alimentos, entre otras aplicaciones. Además, es el mayor estudio sobre microbiomas de alimentos realizado hasta la fecha, y es de acceso libre para facilitar su aplicación a gran escala por parte del mundo académico y la industria.

"Este recurso marcará un hito en la investigación en microbiología de alimentos", señala Abelardo Margolles, investigador del Instituto de Productos Lácteos de Asturias (IPLA- CSIC), que ha participado en la elaboración de la base de datos. "Ayudará a los investigadores a afrontar retos que hasta ahora eran muy difíciles de abordar debido a la escasez de metagenomas de alimentos disponibles en las bases de datos. Los microbios alimentarios pueden tener tanto un impacto positivo en la producción de alimentos -por ejemplo, a través de su fermentación-, como negativo -en su deterioro o en su implicación en la transmisión de enfermedades", añade.

El experto apunta que tradicionalmente, los microorganismos alimentarios se han estudiado cultivándolos en caldos o placas de Petri. Pero este proceso "es "lento y no todos los microbios son cultivables". Ahora, la base de datos CFMD posibilita que los datos de metagenomas de alimentos, basados en la secuenciación del ADN, puedan analizarse con rapidez y precisión.

Consorcio internacional de científicos

El trabajo es fruto del trabajo del consorcio internacional MASTER, financiado por el programa de la Unión Europea Horizonte 2020, en el que han participado también investigadores de otros tres centros del CSIC: la Estación Experimental de El Zaidín (EEZ-CSIC), el Instituto de Investigación en Ciencias de la Alimentación (CIAL, CSIC-UAM) y el Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (IATA-CSIC). La sociedad se puso en marcha en 2019, y cuenta en total con 29 socios, entre los que hay también algunas universidades españolas como la de León.

El consorcio ha analizado más de 2.500 metagenomas asociados a alimentos procedentes de 50 países, incluidos 1.950 metagenomas secuenciados por primera vez. Contiene datos sobre 3.600 especies microbianas, incluyendo más de 200 nuevas especies. "Aproximadamente dos tercios de las muestras fueron de productos lácteos y las instalaciones en las que se elaboran; y se han analizado también bebidas y carnes fermentadas, entre otros alimentos", indica Margolles.

En concreto, el trabajo del CSIC se ha centrado en el análisis de quesos artesanales asturianos. "Se han analizado ambientes de 28 queserías pertenecientes a la Asociación de Queseros Artesanos del Principado de Asturias, y se ha comprobado que los quesos de cada instalación tienen características únicas. Esto es importante porque se podría asociar la especificidad y la calidad de los alimentos locales a su microbioma, e incluso posibilita utilizar el metagenoma como un marcador de autenticidad del alimento, representado una poderosa herramienta para garantizar su trazabilidad y origen", concluye Margolles.